بعد از حذف مواد بزرگ، فاضلاب وارد حوضچه های مجهز به دستگاه های هوادهی می شود. با استفاده از هوادهی عمقی یا دیونایزر، شرایط برای تصفیه بهتر با کمک لجن فعال فراهم میشود و میکروارگانیسم ها شرایط بهتر و ایده آل تری برای تجزیه مواد آلی خواهند داشت. به کمک تجهیزات هوادهی میتوان مواد آلاینده که روی سطح غشا را میپوشانند را از بین برد و از کاهش طول عمر آن جلوگیری کرد.